胸腺增生主要的危害，是可能引起胸腺瘤，或者导致重症肌无力的发生。正常成年人的胸腺组织，多数会萎缩变为脂肪组织，但在病理因素下，胸腺可能继续增生。症状较轻时，局部增生的胸腺组织会压迫气管、食管，引起咳嗽、吞咽困难等不适表现。而严重的胸腺增生通常会合并胸腺瘤，会导致重症肌无力发生。若胸腺瘤体积较大，可能还会侵犯周围气管、支气管及食管，进而引起相应症状，一般需手术切除。
若未出现重症肌无力或其他压迫症状，单纯的胸腺增生暂时可以不用手术处理，仅观察即可。部分患者的胸腺增生会随着年龄增长，逐渐萎缩而消失。若胸腺增生持续发展并伴有胸腺瘤产生，则建议早期发现、早期治疗，有利于疾病预后。
