如果是偶尔一次小儿灌肠，不至于身体造成特别大的影响。因为小儿灌肠主要是将药物通过肛门、直肠周围的静脉给药，药物可以通过直肠静脉直接吸收入血，不再经过小儿的消化道和肝脏代谢，对胃肠道和肝脏的损伤要小些。
但是如果总是反复频繁地灌肠，可能会对小儿身体造成一定程度的影响。如果灌肠的时候，手法不能够特别轻柔，可能会损伤小儿肠道的局部黏膜，引起黏膜出现充血、水肿，严重则可能导致黏膜出血。
还有一部分家长在进行灌肠的时候，未能够及时进行无菌操作，可能导致细菌植入肠道内，引起外源性细菌感染，出现肠炎的症状。
除此以外，灌肠也会导致小儿肠道菌群受到一定的破坏，干扰自身的肠道菌群，导致肠道菌群的屏障功能受到一定程度的影响，引起胃肠功能紊乱，出现腹胀、腹痛、腹泻的症状，或者是腹泻和便秘交替出现。
所以小儿灌肠偶尔使用一次，不会对身体造成特别大的影响。但是如果频繁使用，对小儿身体还是有一定程度的害处。要严格掌握小儿灌肠的适应证，不要频繁使用。
