反流性食管炎通过规范化的治疗，大多数患者不会发生癌变。少数患者未规范治疗或未经过治疗，炎症长期刺激食管下段黏膜，鳞状上皮被柱状上皮取代，称为巴雷特食管，是食管腺癌的癌前病变。巴雷特食管长期没有得到正规治疗，可能会增加癌变的风险。