甲状腺炎鉴别诊断如下：

1、甲状腺炎和其它系统疾病相鉴别：亚急性甲状腺炎是病毒感染性疾病，常引起流感病毒、腮腺炎病毒、腺病毒、柯萨奇病毒等相应不同病毒感染症状；

2、不同类型甲状腺炎相鉴别。主要靠临床表现、专科医生查体、影像学或其它方法帮助鉴别。临床表现方面，急性甲状腺炎部分患者无典型发热、疼痛过程，经过药物治疗后，部分症状缓解。自身免疫性甲状腺炎在早期无明显症状，到后期可表现为甲亢或甲减，患者血液中可检测到免疫性抗体如过氧化物酶抗体、抗甲状腺球蛋白抗体等，而亚急性甲状腺炎无类似抗体。专科医生查体方面，亚急性甲状腺炎患者初诊可有触痛，甲状腺可有轻微肿大，而自身免疫性甲状腺炎早期触诊甲状腺质地非常坚硬，后期甲状腺萎缩变小。影像学或其它方法，如碘131吸碘率测定或核医学ECT扫描可鉴别。亚急性甲状腺炎是急性炎症反应，甲状腺细胞被炎症破坏，患者血液中甲状腺激素浓度较高，表现为甲状腺毒症，碘131摄取率下降，此时称为分离现象，可鉴别患者是自身免疫性甲状腺炎还是亚急性甲状腺炎。