原发性头痛的发病机制、病因，至今还不是特别的清楚，主要有以下的几种假说和推论：

1、遗传因素：某些原发性头痛可能是由于基因的突变导致，即存在有家族史，最经典的是家族性的偏头痛；

2、环境因素以及社会应激心理因素：比如慢性紧张性头痛，通常是由于环境的改变、生活不适应、工作压力过大，以及焦虑、抑郁情绪，与这些关系比较大；

3、组织胺释放学说：主要指的是丛集性头痛，丛集性头痛的患者与组胺的过度释放可能有一定的关系，而丛集性头痛又叫做组胺相关性头痛；

4、内分泌紊乱学说：有部分头痛的患者通常发生在更年期40-50岁，这部分头痛的患者可能与内分泌失调、激素调节水平紊乱有一定的关系；

5、心源性因素：特指的是一些伴有视觉先兆的偏头痛患者，尤其是有视觉先兆的偏头痛，有的时候病因与卵圆孔未闭、心脏结构缺陷有关系。如果是做了卵圆孔的封堵手术，头痛可以明显减少，甚至不发，也是比较崭新的机制。

当然还有很多的机制，目前正在研究、正在探讨，还不是特别的明确。