白塞氏病发病因素非常复杂，目前为止研究不是非常清楚，主要考虑可能跟遗传背景有关。如果检测患者基因，可能会发现携带 HLA-B51基因。另外，也跟环境因素有关系，比如可能在一次感染之后诱发。

除此之外，分布的区域主要在丝绸之路，故在日本、中国和西亚国家相对比较常见，在西方国家相对比较少见。因此，该病具体病因目前不是非常清楚，大致认为是自身免疫和自身炎症双重作用的疾病，但是关于确切机制还有很多空间需要研究。