益生菌作为食用后对人体起辅助作用的细菌，对人体主要起有益作用。部分特殊条件下，益生菌可能会对人体产生较大的副作用或危害作用，具体如下：
1、益生菌为人体的首要条件性致病菌。肠道黏膜水肿或营养不良时，组织间隙增大，细菌可能突破细胞间的黏膜屏障进入血液循环，可能随血液循环到达肺、肾等其他重要脏器，造成流经区域发生感染，严重时可造成菌血症或脓毒血症；
2、益生菌本身存在代谢产物，其中可能有毒力因子，进入人体后随血液循环，可造成机会性感染或代谢紊乱；
3、如果益生菌产生耐药，会将耐药信息水平性转移给人体，诱发人体对抗生素产生耐药性，属于水平转移性耐药，可能对人体造成副作用。
在利用益生菌的正向作用时，也需考虑其副作用，需减少副作用。
