益生菌通常较为安全，没有明显副作用。益生菌很多是人体肠道里正常的微生物，尤其临床上使用的双歧杆菌、乳酸杆菌这一类益生菌，本身是胃肠道菌群的一种正常组成部分，是肠道里共存的一种微生物，做成药后不会有明显副作用。
有一些益生菌，如地衣芽孢杆菌，本身不存在于肠道里，长期使用以后有时候可能有轻微的副作用，整肠生主要用来止泻，有时候会有便秘副作用，但是这种副作用较轻微，停服后很快能缓解，一般很安全。
一些较危重病人，尤其肠黏膜屏障功能受损的重症病人，给予益生菌的时候有通过肠黏膜屏障造成细菌入血的危险，但是具体是否有入血的细菌，是否会造成危害，目前没有定论。所以总体益生菌较为安全，没有明显的副作用，可以把它作为健康、保健的食品，或者治疗消化不良、便秘、腹泻的药物使用。
