脑干出血手术后发热的原因如下：

1、中枢性高热最常见，表现为温度居高不下，最高到40度、40多度，普通的退热剂疗效差，一般采用电冰毯、冰帽的办法进行物理降温；

2、其它部位的感染，主要来源于肺部感染、泌尿系的感染。脑干出血的肺部感染主要根据痰培养的结果，选择敏感的抗生素进行抗炎治疗，通常还会不断的根据痰培养的结果及时更换敏感的抗生素。泌尿系感染通常是先下尿管，充分的做些定期膀胱冲洗，把尿液重新更新。根据尿培养看看哪些抗生素更加敏感，应用抗生素针对治疗。