眼睛囊肿不一定要手术，是否手术取决于囊肿大小及生长方向。如果是较小的囊肿，没有很明显症状，没有影响外观，可以考虑做热敷，使其自行吸收，有部分小囊肿可以自行吸收。
如果囊肿继发感染，出现充血、红、肿、痛，需要积极的抗炎处理，等抗炎处理完后进行热敷，促进吸收。如果囊肿体积较大，可能快突破皮肤屏障，建议患者尽早手术。
如果囊肿没有突破皮肤面，手术可以从睑结膜面进去，这种情况下没有伤口。如果囊肿突破皮肤，造成皮肤损伤，手术切口只能在皮肤面上，势必会在皮肤面留下痕迹。如果睑板出现腺囊肿，要分析其生长速度和生长方向，来决定下一步治疗方向。
