胃肠道间质瘤病人在服用靶向药物期间停药是否有害，要根据病人的不同情况选择，主要分析如下：

1、对于复发转移的病人：身体里面存在胃肠道间质瘤肿瘤的病人，如果在用药期间，不建议停药。因为现在有证据显示，对于这部分病人如果一旦停药，肿瘤即使在前期已经控制很好的状态下，也很有可能会出现爆发性生长。所以对于已经肿瘤负荷比较大的出现复发转移的病人，在力所能及的情况下，可以通过专业的医生去缓解药物毒副作用的情况下，尽量维持标准的、足量的、规律的用药；

2、对于术后辅助治疗的病人：因为各种各样的原因，比如最近出现严重的感染、感冒，合并了其他疾病，这时候可以考虑暂时性地停服伊马替尼，一般情况下停服1-2周，不会引起严重的可能出现肿瘤复发风险，因为肿瘤已经进行了清除。体内已经没有肿瘤的情况下，去短暂停药还是安全的。

一般情况下出现了毒副作用不要慌张，也有很好的抑制毒副作用的药物，比如伊马替尼用药期间，最常出现的白细胞下降、皮疹、水肿，都有很好的对症药物去缓解。这些毒副作用首选是用对症药物去缓解，如果不行可以考虑减量，最后不行可以考虑短暂性的停药。

所以通过这种阶梯性的管理，绝大部分病人的毒副作用的控制还是比较良好的，一般都能很好的耐受药物，接受规范的治疗。