下丘脑是神经内分泌和自主神经系统进行整合的高级中枢，对于维持体内环境稳定有非常重要的关系。当下丘脑出现损害时，身体也会出现疾病。
比如下丘脑损害后，可能会出现中枢性尿崩。再次下丘脑损害，可能会引起摄食功能异常。下丘脑病变可能还会导致睡眠醒觉周期出现障碍，而且下丘脑可能跟性功能方面也有很大的关系。
下丘脑损害还会导致自主神经出现问题，因为交感神经和副交感神经可能都跟下丘脑功能有非常密切的联系。当下丘脑出现损害时，还可能出现特殊类型的癫痫，如间脑癫痫。
由此可以看到，下丘脑对神经内分泌和自主神经功能的调节都有非常重要的作用。
