骨髓炎分为急性血源性骨髓炎和慢性血源性骨髓炎。急性血源性骨髓炎只要治疗得当、发现及时，大多数可以治愈，不会留下明显的后遗症。慢性化脓性骨髓炎理论可以治愈，但目前临床上尚缺乏彻底治愈的方法，治疗后容易出现复发。
急性血源性骨髓炎的细菌还没有在骨髓中定植，此时只要清除脓肿，使用抗生素杀死细菌，即可得到治愈。如果急性骨髓炎没有得到较好的治疗，细菌在骨髓中进行定植，与人体的骨组织、骨细胞密切结合，发展为慢性血源性骨髓炎，此时无论是抗生素，还是人体的自身免疫系统，都难以对细菌进行彻底的杀灭。手术只能清除大部分细菌，但不能切除整段组织，所以会残留一定的细菌在骨髓腔，仍然有复发的可能性。
