当患者出现肛周脓肿时，建议进行急诊手术。所有脓肿类似人体长得疖肿，但肛周脓肿位置位于肛门周围，肛门内脂肪组织较多，可能局部脓腔较大，且脂肪组织没有血运，则伤口恢复较缓慢。

肛周脓肿手术，通常是切开引流，随后伤口逐渐愈合。由于肛门周围神经末梢较丰富，痛觉过于敏感，若肛周脓肿伤口较大，则患者术后疼痛较明显。通常术后需进行长期坐浴，待到伤口基本恢复为止，可能需2-3周甚至更长时间。