女性阴道用干扰素主要是用来治疗HPV感染，干扰素在局部应用，没有什么明显的副作用。干扰素是局部用药，所以局部用药的安全性很高，因为不需要全身用药，对全身的影响很小。且干扰素本身也不是一个副作用很大的药物，而又是局部应用，因此阴道用干扰素没有太大的副作用。
在临床上基本上一年下来，没有几个病人使用干扰素有不适或者副作用，但偶尔有病人用药之后有点不舒服，如外阴阴道瘙痒不适的情况。此情况下可能是对药物本身的制剂有些敏感，此时可以停用此药物，或者更换其它品牌的干扰素也可以。
干扰素治疗HPV感染，并不是特效药，效果不是非常好， HPV感染是一个病毒感染，本身没有特效的治疗，所以用不用干扰素治疗均可。所以如果很担心，用干扰素有副作用，不用也可以，如果想用也问题不大，因为干扰素本身没有明副作用，不用特别的担心。
