巧克力囊肿手术后分别在术后的1个月、3个月、0.5年、1年各复查1次。主要检查的项目包括妇科检查，通过妇科检查了解生殖道是否有炎症、盆腔是否有炎症；同时做B超检查了解是否有复发的可能性。
巧克力囊肿手术后不仅要复查，还需要进行后续治疗。比如为预防巧克力囊肿复发，常肌肉注射醋酸曲普瑞林。因为醋酸曲普瑞林可使子宫内膜萎缩，逐渐达到月经量减少，甚至停经，进而使巧克力囊肿不再复发。
因此，巧克力囊肿手术后的病人，复查非常关键，后续治疗也很关键。若是计划怀孕的女性，在巧克力囊肿手术后建议尽快准备怀孕，并且口服小剂量叶酸片预防胎儿神经管畸形。
