巧克力囊肿腹腔镜手术后，一般1个星期即可恢复到正常状态。但恢复正常并不是标志着治疗结束，仍需后续治疗。因为巧克力囊肿通常在临床上复发率比较高，所以后续需给予治疗。
后续治疗主要是抑制子宫内膜生长，在临床常用醋酸曲普瑞林注射液来抑制子宫内膜生长；另外，也可口服地诺孕酮片进行治疗。此外，还可考虑中医、中药的治疗方法。
总之，用药的目的是抑制子宫内膜生长减少巧克力囊肿复发的可能性。病人在手术后，还要定期做相应检查，来了解是否有复发、了解盆腔是否有积液等。
卵巢巧克力的囊肿是常见的妇科良性肿瘤之一，主要是由子宫内膜异位症所致。建议女性在月经期不要剧烈运动、不要有性生活，以便协助性减少卵巢巧克力囊肿发生。因为此类疾病一旦发生，不仅会导致痛经进行性加重，还可能引起不孕不育。
