小肠镜是检查小肠的器具，包括胶囊肠镜和双气囊小肠镜。胶囊小肠镜的优点是患者做的舒服，因为只要吞一颗胶囊即可，胶囊随着胃肠道蠕动会缓慢下移。缺点是拍摄图像不清晰，发现病灶也无法活检。

双气囊小肠镜检查方法类似做胃镜和肠镜，优点是可以看清病灶，同时可以活检。缺点是患者会难受，而且医生技术不佳时容易造成小肠损伤，尤其是肠黏膜、肠系带损伤。