骨髓增生异常综合征的鉴别诊断如下：

1、巨幼细胞性贫血，可引起血细胞异常发育，表现为大细胞贫血，可造成三系减少。所以需要检查维生素B12、叶酸。MDS患者维生素B12及叶酸含量一般不会减低，有时呈升高趋势；

2、接受细胞毒性药物或细胞因子治疗导致的血细胞减少情况；

3、接触血液毒性化学制品或生物制剂导致的血细胞减少情况；

4、感染或非感染性炎症；

5、肿瘤引起的慢性病的贫血、慢性肝病或HIV感染；

6、自身免疫性血细胞减少；

7、甲状腺功能减退；

8、重金属中毒、过度饮酒所致的血细胞的下降；

9、其它可累及造血干细胞的疾病，如再生障碍性贫血、阵发性睡眠性血红蛋白尿、大颗粒淋巴细胞白血病等。