高危的胃肠间质瘤治愈的可能性相对较小，治疗的目的是延长生命，提高生活质量。临床上医生根据肿瘤大小、原发部位、核分裂象计数将胃肠道间质瘤复发风险分为四级，极低危、低危、中危和高危。危险度分级越高预后越差，胃肠道间质瘤的主要特点在于术后容易引起复发转移。

高危的胃肠道间质瘤之所以很难治愈，原因在于肿瘤体积越大其恶性程度越高，术后复发转移的几率越高。这种情况下，患者虽然做了根治性手术，但肿瘤容易转移到其他脏器，必须采取辅助治疗，即服用靶向药物的方式延长患者的生命。通常高危的胃肠间质瘤患者术后接受辅助治疗至少3年，肿瘤破裂者需要更长时间的辅助治疗。按照美国NCCN和中国临床肿瘤学CSCO指南，伊马替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼和瑞派替尼，是一线到四线胃肠道间质瘤的靶向药物，可以有效减少高危胃肠道间质瘤的复发和转移。