胃肠道间质瘤复发后较难被治愈，但可以通过接受靶向药物的治疗达到比较满意的效果。对于部分胃肠道间质瘤复发患者，身体情况较差，肿瘤体积比较大，患者已经不能耐受手术的情况下，基本很难被治愈。部分患者复发肿瘤相对比较局限，能够进行手术治疗的患者，应尽早进行再次手术完整切除肿瘤，但以后仍有复发的风险，不能算被治愈。
一旦被确诊复发应该以靶向药物治疗为主，主要药物是一线靶向药物伊马替尼、二线药物舒尼替尼、三线药物瑞戈非尼、四线药物瑞派替尼的治疗。治疗靶点主要针对的是C-KIT和PDGFRα，针对复发转移性胃肠道间质瘤患者，可很好地控制肿瘤。
另外，在复发转移性的胃肠道间质瘤的靶向治疗中，如果肿瘤控制良好，甚至出现缩小，经过外科医生再次评估有完整切除手术机会者，可以考虑二次手术治疗。
