多囊肾引起高血压的治疗最关键的是降压治疗，血压下降后，可以减少多囊肾对于肾功能的影响。通常多囊肾的发展病程无法延缓，较多的多囊肾患者在临床上随着病程延长，多囊的情况会加重，以及逐渐压迫有效的肾单位，使血肌酐的水平逐渐升高。
部分年轻的肾尿毒症患者可能因为多囊肾引起的高血压，同时加重肾损害，因此患者的血压管理较为关键。用药方面以钙离子拮抗剂为主，即地平类的降压药物，还可以进行不同种类的地平类联合，如目前常用的氨氯地平、硝苯地平、拉西地平、非洛地平等。如果无法较好的控制病情，可以根据患者心跳的情况加用药物，如果心率增快，可以加用β受体阻断剂或后期加用α受体阻断剂或者α、β受体复方的阻滞剂。
另外，还应根据患者肾功能，必要时可以加入利尿的降压药物，早期患者的肌酐水平正常时，可以谨慎使用RAS系统阻滞剂，如沙坦类的或普利类药物。但患者在用药过程中，应注意监测血肌酐的水平，如果发现血肌酐的明显升高，应尽量慎用或减少应用的剂量。
