食管炎患者主要服用质子泵抑制剂，如奥美拉唑、艾司奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑，还有目前更新的钾泵抑酸药，即沃克，以上均可以用来治疗食道炎，也是主要的抑酸剂。还可以辅助用促动力药物，包括莫沙必利、伊托必利、马来酸曲美布汀、黏膜修复剂、黏膜保护剂或称为制酸剂，包括铝碳酸镁、铝镁加混悬液、复方铝酸铋等药物的规范治疗。
若为轻度食道炎，国际上的疗程为6-8周，国内大概为4-6周，若为中度和中度以上的反流食道炎，疗程需要6-8周，好得比较快且不易复发。但是生活中也需要注意调整，原因在于此疾病属于神经肌肉疾病，若不注意容易复发。食道炎分为反流性食道炎、霉菌性食道炎、食入较烫的食物或化学物质的损伤导致的食道炎，治疗的方式大同小异，但是否容易复发取决于诱因。
