幽门螺杆菌检测方法非常多，大体分为侵入性和非侵入性检查。临床上进行普查或者病人在门诊进行的广泛的筛查是尿素呼气试验，有碳13呼气试验和碳14呼气试验两种。首先病人空腹，然后先吹一口气，给病人吃一粒同位素尿素，可以含碳13或者碳14，过半个小时再呼一次气，测量同位素的碳浓度，给出准确数值，而且也是指导临床治疗疗程和治疗以后复查随访的方式。

还有一部分条件有限，可以抽血查幽门螺杆菌抗体，但是不管是远期感染还是现症感染，抗体都可以表现为阳性，所以不能用于指导治疗的方式，还是需要进行呼气试验；应用的比较多的检查是做胃镜的时候，在胃窦附近幽门5cm范围内的位置取一小块标本，然后做快速尿素酶试验，既可定位也可定性，能够根据变色程度不同，给出感染严重程度的差别。

在做胃镜的时候会根据病情取得活检，有时候在显微镜下能够看到幽门螺杆菌，称为病理活组织检查。科研方面可能刻意的去捕捉细菌，但是临床在正常胃镜下，不会常规取病理活组织寻找幽门螺杆菌。