三个月的宝宝睾丸一大一小的原因非常多，需要看是睾丸大的问题，还是睾丸小的问题，具体情况如下：

1、睾丸偏大：此情况下可能合并有鞘膜积液、腹股沟斜疝等情况，临床中最常见的如腹股沟斜疝，宝宝在哭闹以后出现了腹腔里面的内容物，如肠管、网膜组织，通过没有没有闭合脐环进入阴囊或者进入腹股沟，造成了宝宝的阴囊的外观性肿大，此情况下可能是阶段性的肿大。部分宝宝可能是睾丸鞘膜积液若导致，此情况下则为持续性的肿大，在宝宝睡觉以后、安静以后，睾丸肿大出现缩小、消失，而在宝宝活动以后又逐渐变大，此交通的鞘膜积液比较多见；

2、睾丸偏小：睾丸偏小需要看宝宝孩子的睾丸是否是萎缩，同时阴囊有有无睾丸，部分宝宝可能是高位的隐睾或者是腹股沟处的隐睾，可能会误以为是睾丸偏小，其实在阴囊内没有睾丸，可以在腹股沟上方或者阴囊上方，触摸到睾丸样的肿物。

出现宝宝睾丸一大一小的情况后，首先需要进行超声检查，让超声来明确宝宝的睾丸发育是否正常，睾丸周围有无积液、肠管、网膜，判断到底腹股沟斜疝，还是鞘膜积液，还是隐睾的情况，根据宝宝不同的疾病、不同的诊断，来选择不同的治疗时机，来进行处理和治疗。