幽门螺杆菌根除治疗是10-14天，多数幽门螺杆菌感染的患者经过10-14天的根除治疗之后，能将幽门螺杆菌根除掉。但不除外某些患者因细菌耐药的问题，一次治疗可能难以将细菌根除，可能需要进行第二次根除治疗。还有一小部分患者在第一次根除治疗后，后期可能出现幽门螺杆菌再感染，虽然概率较低，但也依然存在。
幽门螺杆菌根除治疗，即四联疗法，需要用4种药物联合治疗，包括1种质子泵抑制剂、2种消炎药、1种铋剂，4种药物要联合吃，避免间断用药，否则不容易将幽门螺杆菌杀灭，而且容易诱导细菌耐药。因此药物治疗要规范疗程治疗，经过10-14天能够使大部分幽门螺杆菌感染痊愈，患者需要在停药1个月以后，再次进行幽门螺杆菌检测，一般会选择碳13、碳14呼气试验方法，检测幽门螺杆菌是否被根除。
