胶囊肠镜的缺点具体如下：

1、胶囊肠镜检查不是人为拍照，而是定点定时拍照。常规胃肠镜要打气，将胃肠道撑开，可以更清楚观察。而胶囊肠镜检查无法打气，因此容易将一些病变掩盖；

2、发现病灶时无法活检，即看到病灶但是不知道病变性质，此时胶囊已经通过病灶区，没有办法活检；

3、如果小肠不通畅，甚至有憩室时，胶囊镜排不出要人为取出。