输尿管软镜取结石手术，其所需时间与结石的负荷量密切相关。对于单发的小结石，如果手术较为顺利，有时半小时即可完成手术。如果是多发结石或结石体积较大，手术时间则会大幅度延长，部分患者可延长至1.5小时，甚至2小时，甚至部分患者由于结石体积过大，需进行分期手术。
一般手术时间需控制在2小时内，因为手术时间过长，易造成肾盂压力增高，细菌反流入血液，造成术后高热。特别是老年人和心血管功能较差的患者，长时间手术，会对心、肺血管系统造成较大创伤和影响，且需重视术后感染现象。过度延长输尿管软镜取结石手术，可能取出更多结石，但也会造成术后恢复不佳的风险。
输尿管软镜有创伤小、出血少、恢复速度快等优点，但对于体积较大的结石，由于软镜较细，取石速度慢，所以可能需要进行多次，才能将结石取净。对于较大的鹿角状结石，可考虑经皮肾镜取石术等治疗方法。
