脑干胶质瘤是所有中枢系统胶质瘤中最难治疗的肿瘤。由于脑干功能十分重要，所以当出现脑干胶质瘤时，首先需要判断对于肿瘤能否进行手术治疗，手术治疗对于胶质瘤仍然是最为有效的治疗方法。对于外生性、局灶性、存在手术条件的脑干胶质瘤，通过手术将肿瘤大部分、绝大部分甚至全部切除，可以延长患者生存时间。
但是部分脑干胶质瘤不适合进行手术治疗，比如脑干弥散性胶质瘤，手术意义仅限于取活检，可以用于明确脑干胶质瘤的诊断，再辅助其它治疗。
而脑干胶质瘤的患者无论能否进行手术，都需要进行辅助治疗。辅助治疗主要包括放射治疗、化学治疗、电场治疗、靶向治疗以及免疫治疗等。临床上目前常用的方法主要是放疗和化疗。
