真菌鼻窦炎一定要手术。因为鼻窦在鼻腔周围，位置较深，尤其是鼻窦开口比窦底还高，鼻窦的分泌物难以排出。如果是真菌性的炎症，通过局部用药或者口服用药，到达鼻窦黏膜的药物浓度较低。
所以通过全身用药，或者局部用药，难以使真菌性鼻窦炎得到控制，有时可能暂时控制住，但是经常出现复发。所以真菌性鼻窦炎的患者，还是尽快手术。如果不手术，真菌性鼻窦炎可能会出现骨质破坏，此时再行手术，损伤的病变范围可能较大。
不管是真菌性鼻窦炎，还是细菌性鼻窦炎，手术时要把窦口的黏膜和窦口扩大，将窦口部骨质去除部分，让窦口较宽敞，鼻窦的分泌物及时排出。同时对窦腔的黏膜进行彻底清除，特别是炎症较重的黏膜，才能避免复发。
