一般腘窝囊肿不会癌变，因为腘窝囊肿癌变的概率非常低，应该是低于千分之一。腘窝囊肿最常见的是因为骨关节炎，关节里面摩擦较多，关节的积液就会较多，液体慢慢向腘窝渗出形成一个腘窝的囊肿，还有一种就是腱鞘囊肿，半腱半膜肌这个部位因为经常摩擦，所以产生了腱鞘的囊肿。这种囊肿一般来是良性的，不是恶性的，因为里面是胶冻一样的东西，所以一般囊肿较小，不会癌变。
一般大于5公分的腘窝囊肿，要引起重视，大于5公分的癌变的几率会稍微上升一点。因此，腘窝囊肿一般主张，小的腘窝囊肿可以观察，大于5公分以上的腘窝囊肿，还是建议手术，以减少癌变的风险。
