如果是早期的扁桃体癌症或癌症较局限、恶性程度较低，可通过手术完整切除，切除后需做病理化验。如果病理恶性程度较低，术后经过放化疗，一般可以控制其转移，患者生存率较高。但如果恶性程度较高，或肿瘤侵犯到扁桃体周围的组织较多，进行手术不能完整切除，则其预后较差，且对患者的生命影响较大。
常见的扁桃体癌主要为鳞癌，以及恶性淋巴瘤。如果较早或者早期发现，非常局限，和周围的组织无粘连，可通过手术完整切除，切除后再制定下一步治疗方案。如果完整切除，且恶性程度较低，无周围转移。经过术后的放化疗，生存率非常高。但是如果肿瘤侵犯的范围比较大，且恶性程度非常高，治愈的可能性非常小，且对患者生命的影响非常大。
