一般脓肿初期采用保守治疗，局部保守治疗即局部清洗以及肛门局部，或者直肠内塞栓剂，比如用甲硝唑栓或者野菊花栓等。通过局控制炎症达到保守治疗的目的，也可以口服消炎药，比如口服氟哌酸等，严重者可以采用输液。如果炎症控制不佳，脓肿进一步加剧，必须采用手术。
中医脓肿早期采用清热解毒方法，比如用牛黄清胃丸、黄连上清片等。脓已经形成，主张托毒外出，可用拔毒膏等。晚期采用补法，因为脓排出后机体会比较弱。治疗脓肿的三个原则是消、托、补，这是中医治疗的原则。而西医治疗原则早期采用保守治疗、抗炎治疗，脓形成切开排脓，形成瘘再进行瘘管切除。脓肿保守治疗主要是局部用药或者全身用药，用药目的都是为消除脓肿、消除炎症。
