肛乳头瘤位于肛管与直肠之间的交界组织，即肛窦上方，属于移行组织。此部位痛觉没有肛门周围皮肤敏感，术后有轻微疼痛感，但疼痛感觉不明显。而肛周脓肿、肛瘘或肛裂，术后引起的疼痛较剧烈。

通常肛乳头瘤术后，不需要局部使用止疼药，肛乳头瘤增大的现象较少见。肛乳头瘤是局部炎症刺激的肛乳头发生肥大，通常不需要做手术，可能局部使用肛门栓剂或消炎药，炎症逐渐消退后，可能达到好转。