伽玛刀治疗脑瘤具有一定的优势，患者不需要开颅，基本上没有创伤，但是伽玛刀治疗脑瘤也有一定的副作用，包括它所带来的放射性损伤。因为在伽玛刀治疗肿瘤的过程中，不可避免地会损伤一部分正常细胞，包括在治疗路径上的头皮、颅骨、硬膜，以及肿瘤附近的一些脑细胞，都有可能出现放射性坏死。放射性坏死如果不是很严重，通过一些保守治疗，能够获得较好的缓解。如果比较严重，还有可能发展到脑疝的程度，必须通过手术的处理。
另外，伽玛刀不是对所有的脑瘤都有效，由于部分脑瘤不是很敏感，因此不适合通过伽玛刀治疗。此外，伽玛刀也不适用于直径超过3cm的脑瘤。如果脑瘤包裹了一些重要的脑神经，若通过伽玛刀治疗损伤到脑神经，后果也比较严重。所以在选择伽玛刀治疗脑瘤时，一定要严密地把握适应症。
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