磁共振可以检查胃肠，但很少应用。磁共振可能用于粪便的排泄实验，肠道里打造影剂后，在磁共振下看肠壁的蠕动形态。但检查肠胃最常见的为肠胃、肠镜、胃镜、结肠镜、小肠镜、胶囊内镜等。
内镜检查能直观的观察胃壁、肠壁的形态结构，包括有没有息肉、肿物、溃疡、癌肿等。而且不仅能够进行检查、观察，还能进行内镜下的活检、出血治疗、肿物切除、黏膜剥离、放置支架等。这些磁共振都不能代替，包括造影检查也不能代替内镜。
目前随着医疗技术的发展，肠胃镜还能做超声检查、穿刺等。有很多外科手术都被内镜操作所代替，越来越向精细医疗、精准医疗、微创医疗上发展。所以磁共振主要应用实质脏器的检查，空腔脏器的应用比较少。
