肺穿刺操作通常会有一定风险，但风险性根据患者具体病情及身体状况不相同，部分情况下风险较小，部分情况下风险较大。取决于肺穿刺所能提供的依据，从而进一步治疗、判断肺穿刺风险，如造成气胸、血胸等。通常医生选择肺穿刺操作技术时，可根据患者情况及病情特点综合权衡肺穿刺风险，如果风险较大且获益不高，则不会轻易进行操作。
肺内病灶位于胸膜下，尤其病灶和胸膜距离较近甚至相连接，进行肺穿刺操作时风险相对较小。患者肺内病灶、肿块、其他病变面积比较大，穿刺时较少穿偏至正常肺组织。只要穿刺针位于病灶肺组织或病变内进行穿刺取样，通常风险较小，尤其在进行胸腔积液抽取时，安全性较高。
