卵巢囊肿可能发生恶变，所以出现卵巢囊肿，要注意观察，如果长得较快则怀疑有恶变的可能。年轻人也有卵巢囊肿恶变的可能，40岁以上的女性，如果囊肿持续增大，也考虑恶性的可能。部分子宫肌瘤在绝经后会逐渐萎缩，可以不进行手术治疗，但是卵巢囊肿在绝经后继续存在，则基本不会自行消失，可能会突然增大，发生癌变。
当发现卵巢囊肿和肿瘤时，要考虑手术治疗，少部分卵巢囊肿是生理性囊肿，进行观察即可。如果囊肿时大时小，尤其与月经有关，即月经前大、月经后小，基本是良性，或者反应性，或者生理性囊肿。如果囊肿虽然时大时小，但是一段时间后逐渐增大，可能是良性囊肿，需要进行手术治疗。如果是超过6cm的囊肿，几乎不能自行消失，需要进行手术治疗。
