小儿肛周脓肿有一定自愈倾向，在脓肿初期可以选择保守治疗，保守治疗方法有很多包括口服中药及消炎药、静脉输液、中药熏洗坐浴、药膏外敷或药栓塞肛等方法。具体而言应该根据肛周脓肿不同症状和时期配合使用不同中药口服，例如在脓肿初期脓还未完全形成时候一般应用仙方活命饮煎服，如果脓肿已经形成但脓腔未溃破时，一般应用透脓散加减，脓肿晚期破溃流脓后可以应用青蒿鳖甲汤口服，还可以配合中药苦参汤、止痛如神汤以及医院自制药例如复方芩柏颗粒剂熏洗坐浴，或外用百多邦、鱼石脂软膏、金黄散等外面擦，感染症状较明显应该使用抗生素抗感染。每天可以用温开水坐浴2-3次，保持肛门部清洁、同时应该要注意以下几点：

1、尽量采用母乳喂养，减少腹泻发生；

2、提高卫生水平，加强婴幼儿臀部护理，每次大小便后应该及时更换尿片、多清洗，避免使用粗糙尿布，多使用棉质尿布，婴幼儿特别新生儿用暴晒或烫过相对无菌柔软尿布。

如果肛周脓肿已经成脓应早期切开排脓引流、控制感染，不可保守治疗，以免病情加重。如果脓肿反复发作或反复破溃流脓，甚至形成肛瘘，这时保守治疗无作用反而会延误病情，建议及时选择手术治疗。