胃肠道间质瘤患者服用伊马替尼耐药后，可以换用二线的舒尼替尼，或者采用伊马替尼加量治疗，还可以换用瑞派替尼治疗。国内外指南都推荐伊马替尼作为胃肠道间质瘤的一线用药，但是半数以上的患者会发生继发耐药。在辅助治疗期间，如果出现肿瘤的复发或者是转移，很可能是出现了耐药，此时患者应该遵从医嘱按照相关治疗原则接受二线及以上的治疗。
根据《CSCO胃肠道间质瘤诊疗指南》2022版显示，应用伊马替尼出现耐药后，患者可换用二线舒尼替尼治疗，这是指南中等级最高的推荐(一级推荐)，二级推荐包括伊马替尼增加剂量，且伊马替尼加量的研究显示，1/3的患者可再次获益。此外，患者也可换用瑞派替尼治疗，推荐等级是2级，1A类。研究显示，对于伊马替尼耐药的患者，瑞派替尼的无进展生成期和舒尼替尼相当，并且具有良好的安全性和耐受性。
