硒酵母对桥本氏甲状腺炎有辅助作用，但不作为桥本氏甲状腺炎必须使用的药物。硒酵母主要成分是硒元素，硒在体内主要是以硒代半胱氨酸的形式存在于硒蛋白当中，硒蛋白与甲状腺之间有一定关系。有一种在甲状腺合成代谢的特殊酶，叫碘甲状腺原氨酸脱碘酶，这个酶就需要硒蛋白参与。
硒酵母使用以后，对桥本氏甲状腺炎有一定的降低甲状腺自身抗体的作用，包括甲状腺球蛋白抗体和甲状腺微粒体抗体。但是有些人有比较明显的作用，有些人使用以后抗体变化并不大，因为存在着个体差异，而且使用硒酵母降低了甲状腺自身抗体、桥本氏甲状腺炎自身抗体，但是对于甲状腺功能的保护并没有起到明显的作用。因此如果甲状腺功能正常，通常不需要进行特别的药物治疗，如果吃硒酵母也不作为主要治疗方法。
