甲胎蛋白跟肝癌的关系非常密切，在临床上，如果检测出血清甲胎蛋白的水平比较高，如血清里面甲胎蛋白的水平是200µg/L，升高的水平持续2个月，或者是400µg/L，升高的水平持续1个月，提示肝癌的可能性非常大，但是需要根据具体情况分析。
要排除可以引起甲胎蛋白升高的其他因素，比如是不是处于妊娠期，是否合并有生殖系统相关的疾病。另外，如果有合并乙肝或者丙肝的感染，或者有其他因素导致的肝硬化，即使甲胎蛋白阴性，也能诊断为肝癌。
因此，诊断肝癌要看一下影像学相关表现，如有没有典型肝癌影像学的快进快出的表现。还有在上述因素，都满足的情况下，甲胎蛋白不是很高，有可能也是临床诊断的肝癌。
如果甲胎蛋白是阴性的，并且影像学表现也没有那么典型，也没有肝炎的背景，怀疑是肝癌时，需要进一步地做肝脏穿刺的活检，来协助诊断。
