肾囊肿通常没有症状，但是的确部分严重肾囊肿出现时，患者会出现腰痛，而腰痛往往以胀痛、钝痛、隐隐作痛为主，但疼痛有时会比较剧烈，出现腹部、腰部的剧烈疼痛，尤其是在囊肿伴有出血、感染的情况下，部分患者会出现发烧症状，或伴有尿路感染症状，如尿频、尿急、尿痛等症状。肾囊肿是在患者肾上长了一个水泡样物质，可以出现在一侧，也可以出现在双侧，通常数目不等、大小不一。

通常出现症状的肾囊肿往往比较大，通常会在4-5cm以上，此类囊肿会导致患者出现腰腹部疼痛，通常以钝痛为主。如果患者出现囊内出血，短期内突然囊肿变得比较大，会出现剧烈的肾绞痛、腰痛等。如果伴随囊内感染时，会导致患者发热或其他的尿路感染症状，当然囊肿如果长的位置不好，如生长在肾盂旁囊肿，往往长在靠近输尿管的地方，如果长得比较大，会压迫肾盂、输尿管从而导致肾积水，导致腰痛、肾功能不全等，此时往往需要手术治疗。