胃蛋白酶原是胃蛋白酶的前体物质，包括胃蛋白酶原1和胃蛋白酶原2，分别由胃内不同分泌细胞分泌，且具有不同意义。不能单纯以胃蛋白酶原指标评判临床意义，需两者与其它指标结合由专业医生做出正确判断，通常以胃蛋白1≤75μg/L，胃蛋白1与胃蛋白酶2比值≤3.0作为诊断萎缩性胃炎的临界值。
国内胃癌筛查一般采用胃蛋白酶1≤70μg/L，胃蛋白酶1与胃蛋酶2比值＜7.0作为检测标准。将胃癌患病风险分为4级，A级为胃蛋白酶原阴性正常，幽门螺杆菌阴性患者无需进行内镜检查；B级是胃蛋白酶原阴性，但幽门螺杆菌阳性，这类病人需每3年进行1次内镜检查；C级是胃蛋白酶原检测阳性，幽门螺杆菌阳性，这类病人至少2年进行1次胃镜检查；D级是胃蛋白酶原检查异常，但幽门螺杆菌阴性，这类病人需每年进行1次内镜检查，临床上通常将胃蛋白酶原的检测值与胃泌素17、年龄、性别以及幽门螺杆菌感染情况等，共同作为萎缩性胃炎、胃癌的风险评估。
