输尿管结石引起的疼痛原因不同，引起的疼痛位置相应会有差别。如果是输尿管上段结石，主要疼痛位置是以上腹部向后腰部放射，同时放射到下腹部、会阴部及阴囊。

如果结石往下排，到输尿管下段，它的疼痛位置主要在下腹部，同时也会向会阴部及大腿内侧进行放射。对于输尿管壁内段结石，它的疼痛位置主要是耻骨上为主，因为输尿管壁内段平滑肌跟膀胱三角区相连，附着尿道位置。这时结石除疼痛以外，同时会伴发尿频、尿急的表现，患者经常跑厕所，但每次尿量非常少，甚至没有明显尿液排出，严重者会引起尿潴留。