食管炎的药物治疗主要是分为三部分，抑制胃酸的药物、胃肠道的动力药、胃黏膜保护剂的药物：
1、抑制胃酸药：食道炎根本的病因是胃腔里胃酸不适当分泌，反流到食道内，造成食道内黏膜损伤。所以临床上常用的质子泵抑制剂，包括奥美拉唑、雷贝拉唑类的药物，作用机理就是通过降低胃酸内的浓度，使得到达食道内胃酸浓度减低，以避免强酸对于食道黏膜的腐蚀；
2、胃肠道动力药：通过促进胃肠道蠕动促进胃排空，使胃里面高浓度胃酸的时间缩短，这样反流到食道内胃酸浓度也降低，也起到促进食道炎缓解的症状；
3、胃黏膜保护剂：有一些患者如合并的咽喉反流，或者食道内出现黏膜严重损伤的时候，会让患者口服黏膜保护剂如硫糖铝、碳酸镁类的药物，通过在食道黏膜形成膜样的物质，可以局部中和食道反流的胃酸，也能够形成一种膜，保护胃酸对于食管黏膜的损伤。
