结石疼痛的部位取决于结石所在的部位，临床结石常见于胆囊结石或者是输尿管结石，可能会出现左上腹或者右侧疼痛。
胆囊位于右上腹，因此胆囊结石主要是右上腹突发的疼痛，疼痛呈剧烈的绞痛样，可以伴有右肩放射痛，病人疼痛比较剧烈，难以忍受，同时伴有恶心呕吐，临床通过彩超或CT看到胆囊肿大周围有渗出，伴有结石影就可以明确。
输尿管结石往往是由于肾本身有结石，由于其他原因导致结石在下降过程中，在输尿管狭窄部位嵌顿导致局部疼痛。因为输尿管是双侧结构，因此具体疼痛部位取决于结石在具体哪个方向。
如果右侧输尿管结石，那么疼痛的部位就在右侧，而左侧肾结石下降到输尿管狭窄的部位，就会引起左侧疼痛。
疼痛比较剧烈，常见于输尿管上的狭窄部位，同时也伴有会阴部及生殖部位的放射痛、血尿，临床通过彩超发现结石部位或者尿常规中发现红细胞就可以明确诊断。
