染色体臂间倒位属于染色体倒位的一种，男性9号染色体臂间倒位，是由于男性的9号染色体，在进行分裂时发生异常，同时出现两次断裂，其中间节段旋转180°后重接，形成臂间倒位的9号染色体，倒位染色体所颠倒的片段，含有着丝粒的中间节段。造成男性9号染色体臂间倒位的原因，主要为胚胎时期异常。
如在孕期女性受到辐射，或长期处于污染较严重的环境中，就可能影响染色体的分裂，导致男性胎儿发生9号染色体臂间倒位。另外，还可能是由于孕期女性存在病原微生物的严重感染，或服用某种药物，病原微生物产生的毒素，或者药物的某些成分，通过胎盘屏障，进而影响胚胎的发育，在9号染色体分裂时发生异常，导致9号染色体臂间倒位。
男性9号染色体臂间倒位，大多数没有遗传物质的丢失，个体不表现出任何疾患，称为倒位携带者。这类携带者的后代中可出现染色体异常患者，胎儿出生后可能会有胎儿畸形，可以通过第三代试管婴儿技术来完成生育的需求。
