肠激惹综合征，针对主要症状给予药物治疗，精神药物（如地西泮，阿米替林），抗腹泻药（如苯丁哌胺），抗肠痉挛药物（如颠茄、双环维林、西托溴铵），消胀剂（二甲基硅油、活性炭），调整肠道菌群药物（如嗜酸乳杆菌）以及肠黏膜保护剂和吸附剂（如蒙脱石散）。用色甘酸钠行脱敏治疗，对极少数有明确过敏诱因的患者有一定作用。
另外要调整饮食，给予高纤维素食物，避免敏感食物和产气食品。心理和行为疗法包括：心理治疗，催眠疗法，生物反馈疗法等。肠激惹综合征病程长，反复发作，但预后一般较好。一项系统性回顾研究发现，12%-18%患者在2年的中位随访期内，症状消失，而32%-68%的肠易激综合征患者在长达12年的随访期内，症状无改善甚至加重。
预后不好的危险因素包括严重心理障碍，病程长和有既往手术史等。
