肠套叠复位术可能会引起术后感染，或者术后肠坏死、腹膜炎，以及肠套叠复发等并发症，具体分析如下：
1.术后感染：和术后护理不当有关，以预防为主。当套叠部分处理结束后，根据腹腔污染的程度进行清洗，如果有肠坏死或污染程度较重，还应考虑放置腹腔内引流。
2.术后肠坏死、腹膜炎：主要是术中对肠套叠复位后肠管活力判断处理失误所致。对坏死肠管，判明界线后，行肠切除吻合。对很难确定肠管活力时，根据患者情况宁可作肠切除吻合术或肠外置术，而不勉强保留致使发生肠坏死、穿孔导致腹膜炎。肠套叠术后出现如腹膜炎体征，体温持续增高，不能排除术后肠坏死、腹膜炎可能时，应积极准备再次手术，将坏死肠段切除，或行肠外置术。
3.肠套叠复发：国内手术后肠套叠复发率为3.4%-3.9%。套叠整复后，可见局部肠壁水肿，凹陷，必须将其整复平整，否则易引起术后近期复发。以预防为主，如盲肠的活动度较大或有反复发作史者，可切开盲肠外侧的腹膜，稍加游离后，将盲肠固定于后腹膜上，防止再发。若出现复发性肠套叠，应二次手术作回肠末端与升结肠内侧壁固定术。
